早年台灣農家製作皮蛋，以焚燒稻梗（或台灣中南部山區以[[桂竹]]、高雄甲仙用埔薑），將含[[鉀]]、[[鈉]]、[[鎂]]等[[鹼]]性[[礦物質]]的灰燼包裹生蛋，藉由鹼性物質分解[[蛋白]]質，使其熟成。其獨特氣味類似[[阿摩尼亞]]，其實那是蛋白質構成元素[[胺基酸]]，分解後產生的[[氨]]和[[硫化氫]]味道。<ref name=" 自由health"/>但由於溫度及酸鹼程度皆對皮蛋製成率影響甚大，因此一般多會添加[[重金屬]]物質（如[[氧化鉛]]、[[氧化銅]]）來使製程安定，提升產品品質。<ref name=" 自由health">{{cite web |url=https://www.commonhealth.com.tw/article/article.action?nid=79337| title=歐盟稱皮蛋「不適合人類食用」 為什麼這3食物容易被外國人打槍？ | language=zh | date=2019-04-22| publisher=康健雜誌|author=吳孟瑤 }}</ref>

皮蛋在室溫下可以保存6個月左右，若採用真空包裝的保存期限更以長達1年。而保存皮蛋應擺在室溫通風處，不宜長期放置在冰箱內，以免蛋體變小變硬。而如果剝蛋殼後發現皮蛋的蛋白已經變黃或變白，或發出濃濃的臭，就代表蛋體已經氧化變質，不應食用。已經打開後的皮蛋，一定要在1-2小時內吃完，不要長時間暴露在空氣中或放在冰箱裡留著下頓吃，否則易感染[[沙門氏桿菌]]。<ref name=" 自由kk2">{{cite web |url=https://kknews.cc/food/qjz3azo.html| title=一般皮蛋保質期是多久 皮蛋怎麼保存怎麼鑑別好壞| language=zh | date=2017-08-24| publisher=每日頭條| }}</ref>