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PubMed 是一个提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要,并且免费搜寻的数据库。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学,但亦包括其他与医学相关的领域,像是护理学或者其他健康学科。[1]

简介

PubMed是一个免费的MEDLINE数据库,提供生物医学和健康科学领域的文献搜索服务。MEDLINE是当今世界上最权威的文摘类医学文献数据库之一,1996年起向公众开放。而PubMed是互联网上使用最广泛的免费MEDLINE检索工具,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的一个基于WEB的生物医学信息检索系统,也是NCBI Entrez数据库查询系统中的一个。PubMed数据库包含超过3200万篇生物医学文献和摘要。不提供期刊文章的全文,但是通常会附有指向全文的链接。PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。提供原文获取服务免费提供题录和文摘,可与提供原文的网址链接,提供检索词自动转换匹配,操作简便、快捷。。

服务项目

Journal Database: 可通过输入期刊刊名、ISSN或Medline刊名缩写查询期刊的出版资讯。

MeSH Database:点选此功能后,在检索栏位中输入欲查询的词汇,可浏览PubMed资料库中所使用控制词汇。

Single Citation Matcher:使用栏位化的检索方式,找寻特定刊名、卷期、作者、篇名的文献资料。

Batch Citation Matcher:以指令式的方式批次检索资料库中相关的文献,只要输入刊名、年代、卷期、起始页、作者名、关键词其中部分栏位资料即可。

Clinical Queries: 临床病理资料,本功能提供临床病理资料之查询,并依Haynes RB等专家所制订的最佳化检索策略之机制,使用者可先行选择检索方向,如:治疗方式(Therapy)、诊断方式(Diagnosis)、病因(Etiology)、预后状况(Prognosis)其中的一类,并可选择预期之检索结果是较具相关性(sensitivity)或精确率(specificity)较高的。

LinkOut:LinkOut为PubMed提供使用者连结外部网路资源之功能选项,连结内容包括国外图书馆馆藏目录、线上电子全文、书目资料库清单、消费者健康资讯、研究参考资料等资讯。如有外部资源的连结,使用者可在PubMed摘要书目中看到LinkOut此一选项。

免费个人化检索服务—My NCBI:在MY NCBI服务页建立个人检索帐号/密码后,即可使用个人化检索服务,该服务提供储存/删除检索结果、My LinkOut设定及文献传递等个人化服务。

检索方法

PubMed的检索方式有基本检索、高级检索、主题词检索、期刊检索、临床查询、单篇引文匹配等,最核心的检索技术是自动语词匹配。

基本检索方式支持的检索技术

1、布尔逻辑检索

语句:AND OR NOT

直接输入多个单词,默认空格为AND,如diabetes HbA1c

复杂运算则AND不能省略(HbA1c OR IGT)AND diabetes

运算符大小不忌,默认顺序从左到右,可用括号改变顺序diabetes and(HbA1c OR IGT)

2、字段限定

1)正确格式:检索词[字段名]

如diabetes[TI]

2)[AU]著者检索构词规则:姓全称在前,名首字母在后

如张三——ZhangS

3)2002年后录入作者全名,字段名为[FAU]

Steven R Smith[FAU]

4)短语检索

“”精确检索,不改变顺序与位置。完全按“”内的内容检索

5)截词检索

  • 多放单词后方,如retrie*包含retrie在内的所有单词,如retrieve、retrieval

6)自动语词匹配:

系统对输入的检索词,会进行自动语词匹配处理,努力实现检索词的最大语义转换,转换结果会在detail中显示

转换遵循以下三个规则

1)对于输入检索框的检索词,系统首先在多个转换表(MeSH主题词、刊名、作者转换表)中进行搜索比对,并自动转换为相应的主题词、著者、刊名。如输入new england journal of medicine,将自动转换为”N Engl JMed”[Journal];输入vitamin h,将自动转换为”biotin”[MeSH Terms]

2)再将检索词在全部字段(all fields)中进行检索,并执行OR布尔逻辑运算。如输入vitamin h,将自动转换为”biotin”[MeSH Terms]OR ”biotin” [All Fields] OR “vitamin h” [All Fields]

3)若输入多个检索词或短语词组,系统会继续将其拆分为单词后按照1和2分别进行检索,单词之间布尔逻辑运算为AND。输入single cell,将自动转换为(”single person”[MeSH Terms] OR “single”[All Fields] OR “person” [All Fields] OR “single person” [All Fields] OR“single” [All Fields]) AND (“cells”[MeSH Terms] OR ”cells” [All Fields] OR“cells” [All Fields] OR “cell” [All Fields])

主题检索:在PubMed主页的检索框中键入英文单词或短语(大写或小写均可), PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索,并将检索结果直接显示在主页下方。例如:键入“vitamin c common cold”后回车或点击“Go”,PubMed开始检索并将检索结果显示出来。可以在主题词表中自行点选最符合要求的主题词,默认为第一个,还可设置副主题词和更多加权检索和扩展检索

著者检索:当所要查询的是著作者时,在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为“著者姓 空格 名字首字母缩写”,例如smith ja,系统会自动到著者字段去检索,并显示检索结果。

刊名检索 在检索框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号,例如:molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524,系统将在刊名字段检索,并显示检索结果。

日期或日期范围检索:可以在检索框中键入日期或日期范围,系统会按日期段检索,并将符合条件的记录予以显示。日期的录入格式为YYYY/MM/DD;如:1999/09/08。也可以不录月份和日子,如:2000或1999/12。

检索期刊子集(辑) 检索的格式为:检索词AND jsubseta(或jsubsetd,或jsubsetn),如:neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种:Abridged Index Medicus(有120种重要核心期刊)、Dental和Nursing。分别使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn进行限定。

检索带文摘的记录 检索的格式为:检索词AND has abstract, 如:liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章,其MEDLINE记录中没有文摘。

PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。

PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物学数据,序列中心的数据等等。PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。

检索汉化

汉化,让中国的PubMed使用者尽量多的看到、使用自己更为熟悉的、美丽的中文。高级检索页面进行了汉化。检索关键词进行了汉化提示。网络词典集成检索结果页面集成了根据北京金叶天盛科技有限公司著名产品《新编全医药学大词典》制作的网络词典,对自己不熟悉的英语可以"双击"或"鼠标选定"后查看网络词典的翻译结果。

特点

词汇自动转换功能(automatic term mapping)PubMed主页的检索提问框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种表达或索引,对检索词进行转换后再检索。

MeSH转换表(MeSH Translation Table)包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词(题名词和文摘词)进行检索。

刊名转换表(Journal Tanslation Table)包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[Journal Nanme]”后进行检索。如:在检索提问框中键入:“new england journal of medicine”,PubMed将其转换为“N Eng1 J Med [JournalName]”后进行检索。

短语表(Phraselist)该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统(UMLS:Unified Medical Language System)和补充概念(物质)名称表[Supplementary Concept (Substance)Namd]。如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词,就会查找短词表。

GoPubMed是德国2006年创建2008年成熟推出对PubMed进行语义智能检索、分类导航和深度开发的体现崭新思维的网络检索工具,也是一种对检索结果进行多维统计分析的软件.通过它用户可以节省90%以上的网上搜索时间.检索者可以很快了解检索到文献的概貌和该研究领域的研究态势,如论文作者的研究轨迹、论文的年度分布、全球核心作者及核心期刊、合著者可视化关系网络图以及作者分布世界地图等等.

PubMed-cn

PubMed-cn为丁香园旗下网站,专业的医学文献数据库,其数据每天与美国的NCBI数据中心同步一次。用户在检索文献时,可以立即看到该文献影响因子;用户可以在期刊数据库查询影响因子变化趋势、投稿指南、投稿经验等相关的信息。并且PubMed-cn提供国家自然科学基金查询,分析各个地区中标率,热门学科,是申请NSFC的好帮手。

视频

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同步跟踪PubMed中某领域最新文献的方法

参考文献