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到1999年12月，因地产商提出香港站二至四期的公共楼面补地价过多的上诉理据合理，上诉得值，地政总署决定将原本63亿的补地价降低至55亿元﹐每呎楼面补地价亦由1,800元调低至1,571元，减幅一成三。当时地政总署署长布培指出，地铁公司于1999年12月9日与政府达成削减香港站三期补地价协议，主要由于地铁提出上盖项目涉及的公共楼面太多的理由合理，果亦获政府调减金额至55亿元，他表示，有关金额反映楼市前景依然乐观正面，但发展商在倾谈补地价的过程中，态度仍然保守。