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国本之争演变成皇帝与大臣势力之权力斗争。结果郑贵妃忍无可忍，终于爆发明朝立国二百五十年以来最严重宫廷仇杀事件——梃击案 <ref>[https://www.sohu.com/a/412732942_120751026 明史四大谜案之一：“梃击案” 事实真相究竟如何] ，搜狐，2020-08-12</ref> 。

朝臣大多怀疑是郑贵妃想要谋杀太子，王志、何士晋、张问达奏疏谴责郑贵妃的兄弟郑国泰“专擅”；郑贵妃则惶惶不可终日，向皇上哭诉，明神宗要她去向太子表明心迹，意图将事情淡化处理，太子亦不愿深究，最后以“疯癫奸徒罪”将张差处并磔死分尸。张差临死前曾说：“同谋做事，事败，独推我死，而多官竟付之不问。”（据《先拨志始》）。司礼监会同廷臣在文华门会审庞保、刘成两人，由于人证消失，庞、刘二犯有恃无恐，矢口否认涉案。六月一日，神宗密令太监将庞保、刘成杖毙，全案遂无从查起 <ref>[http://www.360doc.com/content/15/0512/09/3925402_469852821.shtml 明代梃击案始末解密]，360个人图书馆,2015-05-12</ref> 。马三道、李守才、孔道判处流放。两年后京察给事中徐绍吉、御史韩浚利用拾遗纠察机会弹劾王之采贪财，于是削籍为民。