黎磊石遗体告别仪式2010年3月21日在南京市殡仪馆举行。在送行仪式上，黎磊石院士安卧于鲜花和翠柏丛中，身上覆盖着中国共产党党旗。灵堂正后方墙上挂着写有"沉痛悼念黎磊石院士"的挽幛，挽幛下方正中位置是黎老的遗像。当日13时，根据黎磊石院士生前遗愿，他的骨灰被安撒长江，与他魂牵梦绕的事业与追求融为一体 。