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古蟲界 圖片來自dawsonlab

古蟲界是單細胞生物的一個主要超級群組，屬於真核生物域，由湯瑪斯•卡弗利爾-史密斯於2002年引入的一個新的支序親緣學分類。古蟲界包含了許多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的人體寄生蟲。

古蟲界過往被包括進現時被視為已棄用的生物分類原生生物界（Protista），一種基於鞭毛構造的分類，被認為是 Flagellate的最 lineage。 命名為「古蟲」，是因為在真核生物的系統發生樹處於底部位置，與古菌等外群關係較近，線粒體可能缺失或功能原始。

特性

許多古蟲界的物種缺乏典型的線粒體，被稱作「無線粒體原生生物」（amitochondriate），雖然大多數可能包含了功能上類似於線粒體、形態有很大變化的細胞器。其它的古蟲界的生物有線粒體，線粒體嵴呈管狀、盤狀、薄片狀。大多數古蟲界物種有兩個、四個甚至更多的鞭毛，很多物種有顯著的腹部攝食溝（feeding groove）超微結構，內部由微管支撐。如果有系統發生的基因證據，其它缺乏這一特徵的物種也可以歸屬於古蟲界。

分類

古蟲界在門/綱的級別上分為六類。

總門	門/綱	有代表性的屬	描述
盤嵴亞界 Discoba或JEH	眼蟲門 Euglenozoa	眼蟲（Euglena）、錐蟲（Trypanosoma）	很多是重要的寄生蟲，很多含有色素體（葉綠體）
	透色門 Percolozoa或滲養門 Heterolobosea	耐格里原蟲（Naegleria）、集胞黏菌（Acrasis）	大多數的形態在鞭毛蟲與似變形蟲之間
	雅各巴蟲綱 Jakobea	雅各巴蟲（Jakoba）、異養鞭毛蟲（Reclinomonas）	自由生活，有的具鞭毛，有基因豐富的線粒體
後滴門 Metamonada或POD	綱 Preaxostyla	銳滴蟲 (Oxymonads)、三鞭毛蟲（Trimastix）	無線粒體，有鞭毛，或者自由生活（三鞭毛蟲）或者寄生於昆蟲的後腸（hindgut）
	多鞭毛蟲綱 Trichozoa或Fornicata	賈第蟲（Giardia）、Carpediemonas	無線粒體，大多數共生或寄生在動物體內。
	副基體綱 Parabasalia	毛滴蟲屬（Trichomonas）	無線粒體有鞭毛，一般共生在昆蟲腸內。某些是人體寄生蟲。

Discoba或JEH亞界

眼蟲門（Euglenozoa）與透色門（Percolozoa, Heterolobosea）是特別接近的親緣關係，都具有盤狀的線粒體嵴，因此被歸納為盤嵴總門（Discicristata）。2007年，一項研究表明盤嵴總門與Jakobida目具有基因親緣關係 Jakobida目具有類似於其它原生生物的管狀線粒體嵴，因此與盤嵴總門合稱為Discoba亞界或三者首字母縮寫——JEH總界。

後滴門

後滴門（Metamonad）不尋常地缺少了典型的線粒體——代替線粒體，這些生物具有氫化酶體（hydrogenosome），紡錘剩體（mitosome）或其它未識別的細胞器。共同特點是都沒有線粒體。基因分析表明，這些生物的細胞核中有線粒體的基因標誌。這些生物都是寄生生活的，能夠從其它來源獲得ATP。源真核生物的一個例子是毛滴蟲（Trichomonas Vaginalis），是常見的尿路感染，通過性接觸傳播。

單系起源

古蟲界是否為單系群（monophyletic group），仍然缺乏基因證據。可能是幾個並行的進化分支。

某些古蟲界的物種被認為是非常原始的真核生物，位於進化樹的底部。這示意古蟲界可能是多系群，包含着其它原生生物的祖先。但這也可能是由於長枝吸引（long branch attraction），這已經在微孢子蟲（microsporidia）中有過前例。

馬拉維單胞蟲

除上述類群外馬拉維單胞蟲綱（Malawimonas）由於其分子系統學證據被認為可能是古蟲中的一種，但其在其中的系統位置待定。