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雖然有這樣多成功的演出，馬勒在維也納的日子並不平順。他與演奏者、歌唱家和管理層衝突不斷，他戲劇化和專制的指揮風格也讓樂隊成員怨聲載道<ref>de La Grange, Vol. 2 pp. 130–31 and 630–31</ref>。1903年12月，舞臺工作人員進行了一次反抗活動，而馬勒回絕了他們提的要求，認為他們是受極端人士操縱<ref>de La Grange, Vol. 2 pp. 632–34.</ref>。劇場之外，維也納社會上反猶的情緒也不曾間斷攻擊，並在1907年在媒體上發起攻勢，意圖彈劾馬勒<ref name= Carr150>Carr, pp. 150–51</ref>。馬勒此時已經與歌劇院的管理者發生了不合，原因是他在自己音樂上消耗的時間過多。

在維也納期間，從1898年到1901年，馬勒還擔任了[[維也納愛樂樂團]]的指揮。1898年，樂團音樂委員會一致通過決議，選擇馬勒作為裡希特的接任者<ref>de La Grange, Vol 2 p. 116</ref>。外界對此並非沒有異議，有人懷疑非德國人的馬勒是否有能力“捍衛德國音樂”<ref name= DLG117>de La Grange, Vol. 2 p. 117</ref>。馬勒上任後的第一個演出季，票房有顯著提高，但樂隊成員不滿馬勒改編名作的習慣，以及對他們已經爛熟的曲目增加額外排練<ref name= Franklin7/>。1899年樂團甚至要求裡希特回來，最終無果。馬勒在1900年帶著樂團去參加了[[1900年世界博覽會|巴黎世博會]]。在巴黎的音樂會是商業上的失敗，馬勒甚至連回程路費都無法支付，不得不向銀行世家[[羅斯柴爾德家族]]借錢<ref name= Carr87>Carr, pp. 87–94</ref><ref>de La Grange, Vol. 2 pp. 263–64</ref>。1901年4月，馬勒因為自己健康狀況不佳，也厭倦了抱怨和不滿，遂辭去了指揮職位。三年間他指揮了80多部作品的演出，並推廣了一些不為人知的作曲家，比如[[赫爾曼·格茨]]、[[威廉·金茨爾]]和[[勞倫佐·佩羅西]]<ref name= Carr87/>。