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生物分類學：是一門研究生物類群間的異同以及異同程度，闡明生物間的親緣關係、進化過程和發展規律的科學。

生物分類學（biotaxonomy）通常直接稱分類學（taxonomy；taxonomie；taxonomía），是一門研究生物類群間的異同以及異同程度，闡明生物間的親緣關係、進化過程和發展規律的科學。要將生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準確定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體內寄生並複製，但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養，生殖等現象。

又如引起瘋牛病的阮粒（prion）可以造成感染卻無DNA成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質，經由與RNA的轉錄轉譯過程，形成蛋白質，再進一步形成組成細胞的各個部分，如細胞膜、胞器等，而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。

這種分類應該反映不同生物體間的進化樹關係。分類學把生物劃分為不同的群，而系統學試圖尋找生物之間的關係。占主導地位的分類法是林奈氏分類系統（Linnaean），它包括一個屬名和種加詞。

原核生物：是一些由無細胞核的細胞組成的單細胞或多細胞的低等生物。主要包括細菌、支原體和植物中的藍藻門。一般沒有細胞內膜，沒有染色體和細胞核膜。 一般以為地球上最早的生命是原核生物，和現存的古細菌相似。

生物命名規範

關於如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在1997年出版，它試圖在三個領域標淮化命名，但現在還沒有被正式採納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是不屬於生物命名法規的。

生物分界

傳統上，生物分為五界，由Sahn等於1949年提出：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 真菌界 -- 植物界 -- 動物界

Copeland提出過四界說：

• 菌界（細菌和藍藻） -- 原生生物界 -- 植物界 -- 動物界

也有人使用三域說。這種分類方法反映了細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。

• 古菌域 -- 細菌域 -- 真核域

另有一些不屬於上述所有分類的介於生物和非生物之間的生命形式，即只能寄生於細胞內的病毒，而它們在細胞外並不表現出活躍的生命形式。

• 病毒 -- 類病毒 -- 阮病毒

分類表

生物分類總表

這個列表以NCBI Taxonomy上的分類爲基礎。

生物詳細分類表

• 古菌分類表
• 細菌分類表
• 植物分類表 (NCBI)
• 動物分類表
• 真菌分類表
• 原生生物分類表

古菌域

包含嗜鹽菌、一些超嗜熱菌、嗜酸菌等。

細菌域

包含放線菌、衣原體、支原體、立克次體等。

真核生物域

植物界

包含綠藻、輪藻、苔蘚植物、蕨類植物、種子植物等。

真菌/後生動物組

真菌/後生動物組除動物界和真菌外，還包含領鞭毛蟲、魚醉菌等。

動物界

即「後生動物」組。

真菌界

包括子囊菌、擔子菌、接合菌、壺菌、聚合菌和微孢子蟲。

其餘真核生物（原生生物和真核藻類）

真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物，爲併系群。

• 等輻骨蟲綱（Acantharea），如等棘蟲。
• 放射蟲綱
• 雙滴蟲類（Diplomonadida），如曲滴蟲、賈第蟲。
• Parabasalidea
  • 毛滴蟲綱（Trichomonada）
  • 超鞭毛綱（Hypermastigia）
• 異葉足綱（Heterolobosea），如集胞菌。
• 眼蟲門
  • 動質體目（Kinetoplastida）
  • 眼蟲綱
• 隱藻綱（Cryptophyta）
• 定鞭藻綱（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
• 不等鞭毛類，除下列分類還包括輻球蟲、蛙片蟲等。
  • 金藻綱
  • 硅鞭藻綱（Dictyochophyceae）
  • 針胞藻綱（Raphidophyceae）
  • 前毛壺菌綱（Hyphochytriomycetes）
  • 卵菌綱
  • 褐藻門，如海帶、巨藻、馬尾藻、墨角藻。
  • 硅藻門
  • 黃藻門
• 囊泡蟲類
  • 頂複門，如瘧原蟲。
  • 纖毛蟲類，如喇叭蟲、中縊蟲、榴彈蟲、草履蟲、四膜蟲。
  • 甲藻門
• 單孢子蟲門（Haplosporidia）
• 絲足蟲類
• 根腫菌類（Plasmodiophorida）
• 粒網足蟲類（Granuloreticulosea），如有孔蟲。
• 葉足綱（Lobosea），如變形蟲（阿米巴）。
• 黏菌門
• 灰胞藻綱（Glaucocystophyceae）
• 紅藻門，如石花菜、紫菜。

註：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未歸類原生生物。

參見

• 進化生物學、系統生物學
• 亞里士多德：《工具論》
• 林奈：雙名法