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生物分类学：是一门研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律的科学。

生物分类学（biotaxonomy）通常直接称分类学（taxonomy；taxonomie；taxonomía），是一门研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律的科学。要将生物分类，首先要知道生物与非生物的定义，但是我们似乎没有办法准确定义，以病毒来说，虽然可在其他生物体内寄生并复制，但在生物体外却没有一般生物的特征如制造或摄取营养，生殖等现象。

又如引起疯牛病的阮粒（prion）可以造成感染却无DNA成分，一直以来，DNA被视为生命遗传物质，经由与RNA的转录转译过程，形成蛋白质，再进一步形成组成细胞的各个部分，如细胞膜、胞器等，而细胞则是我们长久以来所认为组成生命体的最小单位。

这种分类应该反映不同生物体间的进化树关系。分类学把生物划分为不同的群，而系统学试图寻找生物之间的关系。占主导地位的分类法是林奈氏分类系统（Linnaean），它包括一个属名和种加词。

原核生物：是一些由无细胞核的细胞组成的单细胞或多细胞的低等生物。主要包括细菌、支原体和植物中的蓝藻门。一般没有细胞内膜，没有染色体和细胞核膜。 一般以为地球上最早的生命是原核生物，和现存的古细菌相似。

• 生物分类学主要分为八个层次：
• 域 (Domain)
• 界 (Kingdom)
• 门 (Phylum)
• 纲 (Class)
• 目 (Order)
• 科 (Family)
• 属 (Genus)
• 种 (Species)

• 而在这些等级之上，科学家还加上了“超”、“亚”等区别（如“超科”、“亚种”等）以作更精细的划分。

林耐时代没有“域”的划分，这是后来的科学家加上去的。最新的划分包括了五个域：

• 普利昂（病源蛋白）域 (Prionabiota)
• 病毒域 (Virusobiota)
• 古菌域 (Archaea)
• 细菌域 (Bacteria)
• 真核域 (Eukarya)
• 前两者属于非细胞生物而后三者属于细胞生物。人类属于第五域的“真核生物”。

真核域之下一般分为四个“界”： [[原生生物界 (Protista) 真菌界 (Fungi) 植物界 (Plantae) 动物界 (Animalia) 不用说人类属于动物界。

动物界之下则包括了众多的“门”，例如海绵所属的“多孔门”、昆虫和虾蟹所属的“节肢门”、蜗牛和八爪鱼所属的“软体门”、贝壳类所属的“腕足门”、海星、海胆、海参所属的“棘皮门”、以及鱼类、鸟类、爬行类所属的“脊索门 （Chordata） ”。人类属于“脊索门”下的“脊椎亚门 （subphylum invertebrata)）”。

脊椎动物之下主要分为五个“纲”：鱼纲（Pisces） 、两栖纲（Amphibia） 、爬行纲（Reptilia）、鸟纲 （Aves）和哺乳纲（Mammalia） 。不用说人类属于“哺乳纲”。

留意哺乳纲之下又分为“原兽亚纲（Protheria）”、“后兽亚纲（Metatheria）”和“真兽亚纲（Eutheria）”，第一种包括了我们不太熟悉的鸭嘴兽（platypus）、第二种包括了我们十分熟悉的袋鼠、而第三种则包括了我们一般所认识的哺乳动物。严格来说，鸭嘴兽和袋鼠都不是真正胎生的。

真兽亚纲之下分为众多的“目”，例如包括了牛、羊、鹿、骆驼等的“偶蹄目”、包括了马和犀牛等“奇蹄目”、包括了狮、虎、豹、猫、犬等的“食肉目（Carnivora）”、包括了老鼠、葵鼠和松鼠的“啮齿目（Rodentia） ”、包括了鲸和海豚的“鲸目（Cetacea）”等。而人类则属于“灵长目（Primate）”。

灵长目之下包括了“狐猴亚目（Prosimii） ”和“类人猿亚目（Anthropoidea）”，前者包括了现今主要生活在马达卡斯卡岛（Madagascar）的狐猴、懒猴、指猴等“超科（Superfamily）”，而后者则包括我们所熟悉的猴类和猿类两大超科，后者的正式名称是“类人猿超科（Hominoidea）”，也就是人类所属于的分类。

类人猿超科之下包括了两个大科：“长臂猿科（Hylobatidae）”和“人科（Hominidae）”。人类、大猩猩（gorilla） 、黑猩猩（chimpanzee） 、褐猩猩（orang-utan）、倭猩猩（bonobo apes）和它们的直系祖先，都是“人科”之下的不同的“属”。

在二十世纪初，人属（Homo）之下便只有“现代人”这个代表。但过去近百年的古人类学的研究，显示在现代人出现之前，地球上曾经存在过不同的人属生物，例如二百万年前的“能人（Homo habilis）”和五十万年前的“北京猿人（Homo erectus）”等。 “habilis” 和 “erectus” 等便代表了他们在“种”之一层次的划分。而现代人的正式学名是Homo sapiens ，中文称“智人”。

生物命名规范

关于如何为生物命名的原则有很多国际协议，例如《国际植物命名法规》（International Code of Botanical Nomenclature，简称ICBN）、《国际动物命名法规》（International Code of Zoological Nomenclature，简称ICZN）以及《国际细菌命名法规》（International Code of Nomenclature of Bacteria，简称ICNB）。第四版的生物命名法规（BioCode）草案在1997年出版，它试图在三个领域标淮化命名，但现在还没有被正式采纳。《国际病毒命名和分类法规》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，简称ICVCN）是不属于生物命名法规的。

生物分界

传统上，生物分为五界，由Sahn等于1949年提出：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 真菌界 -- 植物界 -- 动物界

Copeland提出过四界说：

• 菌界（细菌和蓝藻） -- 原生生物界 -- 植物界 -- 动物界

也有人使用三域说。这种分类方法反映了细胞是否有核以及细胞膜和细胞壁的差异。

• 古菌域 -- 细菌域 -- 真核域

另有一些不属于上述所有分类的介于生物和非生物之间的生命形式，即只能寄生于细胞内的病毒，而它们在细胞外并不表现出活跃的生命形式。

• 病毒 -- 类病毒 -- 阮病毒

分类表

生物分类总表

这个列表以NCBI Taxonomy上的分类为基础。

生物详细分类表

• 古菌分类表
• 细菌分类表
• 植物分类表 (NCBI)
• 动物分类表
• 真菌分类表
• 原生生物分类表

古菌域

包含嗜盐菌、一些超嗜热菌、嗜酸菌等。

细菌域

包含放线菌、衣原体、支原体、立克次体等。

真核生物域

植物界

包含绿藻、轮藻、苔藓植物、蕨类植物、种子植物等。

真菌/后生动物组

真菌/后生动物组除动物界和真菌外，还包含领鞭毛虫、鱼醉菌等。

动物界

即“后生动物”组。

真菌界

包括子囊菌、担子菌、接合菌、壶菌、聚合菌和微孢子虫。

其馀真核生物（原生生物和真核藻类）

真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物，为并系群。

• 等辐骨虫纲（Acantharea），如等棘虫。
• 放射虫纲
• 双滴虫类（Diplomonadida），如曲滴虫、贾第虫。
• Parabasalidea
  • 毛滴虫纲（Trichomonada）
  • 超鞭毛纲（Hypermastigia）
• 异叶足纲（Heterolobosea），如集胞菌。
• 眼虫门
  • 动质体目（Kinetoplastida）
  • 眼虫纲
• 隐藻纲（Cryptophyta）
• 定鞭藻纲（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
• 不等鞭毛类，除下列分类还包括辐球虫、蛙片虫等。
  • 金藻纲
  • 硅鞭藻纲（Dictyochophyceae）
  • 针胞藻纲（Raphidophyceae）
  • 前毛壶菌纲（Hyphochytriomycetes）
  • 卵菌纲
  • 褐藻门，如海带、巨藻、马尾藻、墨角藻。
  • 硅藻门
  • 黄藻门
• 囊泡虫类
  • 顶复门，如疟原虫。
  • 纤毛虫类，如喇叭虫、中缢虫、榴弹虫、草履虫、四膜虫。
  • 甲藻门
• 单孢子虫门（Haplosporidia）
• 丝足虫类
• 根肿菌类（Plasmodiophorida）
• 粒网足虫类（Granuloreticulosea），如有孔虫。
• 叶足纲（Lobosea），如变形虫（阿米巴）。
• 黏菌门
• 灰胞藻纲（Glaucocystophyceae）
• 红藻门，如石花菜、紫菜。

注：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未归类原生生物。

参见

• 进化生物学、系统生物学
• 亚里士多德：《工具论》
• 林奈：双名法